1969 yılında Diyarbakır’da doğdu. 1992 yılında Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesinden mezun oldu. Aynı yıl Diyarbakır Tarım İl Müdürlüğünde göreve başladı. 1999 yılında Diyarbakır Tarım İl Müdürlüğüne Hayvan Sağlığı Şube Müdürü, 2004 yılında Tarım İl Müdürü olarak atandı.
2009 yılında Tarımsal Üretim ve Geliştirme Genel Müdürlüğünde Genel Müdür Yardımcısı görevine getirildi. 2011 yılında Hayvancılık Genel Müdürlüğünde Genel Müdür Yardımcılığı, 2013 yılında ise Hayvancılık Genel Müdürü görevine atanan Mustafa Kayhan, Faruk Çelik döneminde de bir süre bu görevi yürütmüş ve 2016 yılında görevden alınmıştı.
Mustafa Kayhan 28 Mart 2022'de Tarım ve Orman Bakanı Vahit Kirişçi'nin kararı ile vekaleten Et ve Süt Kurumu Genel Müdürü olarak atandı. Çok sayıda projelerin hazırlayıcı ve uygulayıcılarından olan Mustafa Kayhan evli ve üç çocuk babasıdır. İngilizce bilmektedir.
